Penolakan terhadap vaksinasi dapat dianggap sebagai tindakan tidak mematuhi penyelenggaraan Kekarantinaan Kesehatan, mengingat vaksinasi merupakan salah satu tindakan Kekarantinaan Kesehatan. Penolakan terhadap vaksinasi didasarkan pada adanya unsur pemaksaan dan pelanggaran integritas terhadap tubuh seseorang, perlindungan terhadap integritas tubuh orang diatur dalam Pasal 5 Ayat (3) dan Pasal 56 Ayat (1) Undang-Undang Nomor 36 Tahun 2009 tentang Kesehatan dimana setiap orang berhak secara mandiri dan bertanggung jawab untuk menentukan sendiri pelayanan kesehatan yang diperlukan bagi dirinya, dan setiap orang berhak menerima atau menolak sebagian atau seluruh tindakan pertolongan yang akan diberikan kepadanya setelah menerima dan memahami informasi mengenai tindakan tersebut secara lengkap.
Namun, terdapat pengecualian dalam Pasal 56 Ayat (1) Undang-Undnag Nomor 36 Tahun 2009 tentang Kesehatan dimana hak untuk menerima atau menolak tidak berlaku pada penderita yang penyakitnya dapat secara cepat menular ke dalam masyarakat yang lebih luas, penolakan terhadap vaksinasi dapat dikenakan sanksi administratif sesuai Pasal 13A Ayat (4) Peraturan Presiden Nomor 14 Tahun 2021 berupa penundaan atau penghentian pemberian jaminan sosial atau bantuan sosial, penundaan atau penghentian layanan administrasi pemerintahan, dan penerapan denda. Sedang Pasal 9 Ayat (1) jo. Pasal 93 Undang-Undang Nomor 6 Tahun 2018 tentang Kekarantinaan Kesehatan memuat sanksi pidana paling lama 1 (satu) tahun dan/atau denda paling banyak Rp 100.000.000,- juta bagi siapa saja yang tidak mematuhi penyelenggaraan Kekarantinaan Kesehatan.
Dalam Hak Asasi Manusia, dikenal konsep Non-Derogable Rights dan Derogable Rights. Non-Derogable Rights merupakan hak yang tidak dapat dikurangi dalam keadaan apapun seperti hak untuk hidup dan hak untuk kemerdekaan pikiran dan hati nurani, sedang Derogable Rights merupakan hak yang dapat dikurangi seperti hak untuk berkumpul dan mengeluarkan pendapat. Konsep ini menjadi dasar dalam memahami Hak Asasi Manusia mengingat setiap manusia memiliki hak yang sama dan wajib dihormati oleh manusia lainnya, untuk itulah ada pembatasan dalam pemenuhan Hak Asasi Manusia yang diatur dalam Pasal 28J Ayat (2) Undang-Undang Dasar Negara Republik Indonesia 1945.
Vaksinasi yang dilakukan secara massal untuk menciptakan Herd Immunity dalam masyarakat berkaitan erat dengan hak atas kesehatan dan keselamatan publik, sehingga setiap orang wajib untuk mementingkan kepentingan bersama. Prinsip-prinsip Siracusa tentang Ketentuan Pembatasan dan Pengurangan Hak Asasi Manusia dalam Konvenan Internasional tentang Hak Sipil dan Politik pada tahun 1976 mengenal istilah pembatasan Hak Asasi Manusia terkait dengan kesehatan masyarakat. Kesehatan masyarakat dapat menjadi dasar untuk membatasi hak-hak tertentu sehingga pemerintah dapat mengambil langkah-langkah terkait adanya ancaman serius bagi kesehatan penduduk di tengah pagebluk Covid-19, dan vaksinasi merupakan salah satu langkah pemerintah untuk menyelenggarakan kesehatan masyarakat.
