Kegiatan industri yang seringkali bersinggungan dengan Kawasan Ekoregion adalah kegiatan pertambangan lepas pantai. Apabila UU PPLH telah memberikan hak gugat lingkungan hidup oleh aktivis lingkungan namun perlu sebuah pemikiran yang visioner bahwa kedaulatan lingkungan hidup harus menjadi dasar dari UU PPLH di masa mendatang. Kedaulatan lingkungan hidup mencakup berbagai aspek lingkungan hidup yaitu manusia dan ekosistem pendukungnya termasuk biota dan bioma dalam ekosistem perairan.
Karenanya, perlu penegasan bahwa Wilayah Ekoregion bukan termasuk wilayah pertambangan karena hal tersebut tidak mencerminkan pelaksanaan Pasal 2 huruf (h) UU PPLH yaitu asas ekoregion yang menegaskan bahwa perlindungan dan pengelolaan lingkungan hidup harus memperhatikan karakteristik sumber daya alam, ekosistem, kondisi geografis, budaya masyarakat setempat dan kearifan lokal.
Apabila Wilayah Pertambangan mencakup pula Wilayah Ekoregion akan mengakibatkan pemberdayaan secara berkelanjutan terhadap lingkungan hidup tidak akan tercapai. Sebuah kontradiksi dan ironi ketika hendak mencapai nilai ekonomis untuk kemakmuran rakyat harus mengorbankan lingkungan hidup yang merupakan bagian dari rakyat itu sendiri yang menjadi bagian dari ekosistem secara menyeluruh.
