Dalam sejarahnya makar di Indonesia ini pernah beberapa kali terjadi yang dilakukan oleh warga negaranya. Tindakan makar di Indonesia dilakukan dengan menentang ideologi bangsa Indonesia hingga melakukan penyerangan kepala negara yang sah dan sedang bertugas secara resmi.
Kasus makar masa lampau ialah kasus GAM (Gerakan Aceh Merdeka) di provinsi Nangroe Aceh Darussalam. Mereka ingin Aceh merdeka dan lepas dari NKRI (Negara Kesatuan Republik Indonesia). Dalam aksi yang dilakukan cukup lama itu yang GAM melakukan aksinya selama bertahun-tahun. GAM sering mengibarkan benderanya dan melawan pasukan TNI yang sedang bertugas atau melakukan penjagaan. Hampir sama dengan kasus GAM Pemerintahan Indonesia kerap kali diserang oleh beberapa kelompok yang menentang iedologi Pancasila dan ingin memerdekakan dirinya, seperti RMS atau Republik Maluku Selatan.
Pemberontakan Republik Maluku Selatan terjadi pada 25 April 1959, dipimpin oleh Chris Soumokil, mantan Jaksa Agung Negara Indonesia Timur. Pemberontakan ini terjadi akibat kekecewaan para prajurit KNIL (Tentara Hindia Belanda) yang menolak bergabung dengan TNI dan menuntut dipertahankanya bentuk negara serikat di Indonesia. Lalu, mereka memprokalmasikan Negara Maluku Selatan di Ambon, yang ingin memisahkan kepulauan Maluku dari Indonesia. Pemberontakan ini berhasil diakhiri setelah pasukan TNI melakukan serangan ke Ambon dan menahan Soumokil pada tahun 1963.
Adapun sisa-sia pemberontak RMS melarikan diri ke Belanda dan bergabung dengan OPM (Organisasi Papua Merdeka) yang dianggap sebagai organisasi yang kerap kali melakukan tindakan makar dan melawan kedaulatan NKRI. OPM adalah sebuah gerakan separatis yang didirikan tahun 1965 yang bertujuan untuk mewujudkan kemerdekaan Papua bagian barat dari pemerintahan Indonesia. Sebelum era reformasi, provinsi yang sekarang terdiri atas Papua dan Papua Barat ini dipanggil dengan nama Irian Jaya. OPM merasa bahwa mereka tidak memiliki hubungan sejarah dengan bagian Indonesia yang lain maupun negara-negara Asia lainnya.