Dari pernyataan yang dilontarkan Muzakir Manaf terkait dengan demokrasi dan keadilan di Indonesia yang tidak jelas, ternyata tidak sesuai dengan data ilmiah yang terdapat di lapangan.
Lebih lanjut, keadilan di Indonesia semakin membaik dan berada di dalam kategori yang cukup berdasarkan indeks Negara Hukum Indonesia yang diukur berdasarkan ketaatan pemerintah terhadap hukum, legal formalitas, kekuasaan kehakiman yang merdeka, akses terhadap keadilan, dan Hak Asasi Manusia. Peringkat keadilan Indonesia sendiri telah naik satu tingkat berdasarkan indeks rule of law yang diukur berlandaskan prinsip akuntabilitas, just law, pemerintahan yang transparan, dan Impartial Dispute Resolution. Pada tahun 2017-2018, Indoneisa menduduki peringkat ke 63 di dunia dan pada tahun 2018-2019 naik menduduki peringkat ke 62. Menurut sumber BPS, berdasarkan data yang dirilis pada agustus 2018 pada tahun 2016 indeksnya sebesar 70.09 dan 2017 naik menjadi sebesar 72.11.
Selain itu, diduga bahwa referendum ini bukan merupakan sepenuhnya kemauan rakyat Aceh, namun bisa jadi merupakan keinginan sekelompok elite politik. Referendum Aceh ini diyakini oleh banyak pihak tidak dapat mengubah, mengganggu, atau merusak keutuhan Negara Kesatuan Republik Indonesia. Oleh karena itu, meskipun Referendum Aceh ini diserukan dan terus diusahakan, tidak akan membuat aceh lepas dari kesatuan NKRI seperti halnya Timor Leste pada zaman sebelumnya.
Diberitakan bahwa Ketua Partai Aceh Muzakir Manaf kemungkinan akan segera mendapat proses hukum sesuai dengan hukum yang berlaku di Indonesia sepulang beliau dari luar negeri, karena ia telah menyerukan referendum aceh yang bertabrakan dengan hukum positif di Indonesia. Hal ini dilontarkan oleh Wiranto, Menteri Koordinator Politik Hukum dan Keamanan.
Pada sisi lain, pakar hukum pidana Universitas Trisakti Abdul Fickar Hadjar menilai eks kombatan Gerakan Aceh Merdeka Muzakir Manaf tak bisa dipidana karena menyerukan referendum Aceh. Menurut dia, seruan itu hanyalah seruan wacana. manusia tidak dapat dipidana berdasarkan dari pikirannya saja, karen Fickar membenarkan tidak adanya landasan hukum untuk melakukan referendum terkait pemisahan wilayah. Namun, ia mengkritik pendekatan pidana yang ingin dilakukan Wiranto terhadap Muzakir. Dia mengatakan ucapan Muzakir soal referendum tak bisa dijerat dengan Pasal 106 Kitab Undang-Undang Hukum Pidana tentang upaya memisahkan sebagian wilayah negara Indonesia.
