Jika SE bukan peraturan perundang-undangan, lantas bagaimana menguji keabsahannya? Jika bukan keputusan, berarti SE tak bisa digugat ke Peradilan Tata Usaha Negara (PTUN) juga. Praktik selama ini, SE yang tak sesuai dicabut sendiri oleh instansi yang mengeluarkan.
Untuk menjawab pertanyaan ini , dapat diperhatikan dalam Pasal 24A UUD 1945. Pasal ini menegaskan MA berwenang menguji peraturan perundang-undangan di bawah undang-undang terhadap undang-undang. Dengan rumusan itu berarti MA berwenang menguji semua jenis peraturan perundang-undangan yang tingkatannya di bawah Undang-Undang, misalnya Peraturan Presiden, Peraturan Menteri, dan Peraturan Daerah. Tapi bagaimana dengan Surat Edaran?
Jika diizinkan untuk mengasumsikan SE bukan peraturan perundang-undangan, maka MA tak bisa mengujinya terhadap Undang-Undang. Sebaliknya, jika SE termasuk kategori peraturan perundang-undangan, maka MA berwenang melakukan pengujian. Ini juga berarti SEMA bisa diuji ke Mahkamah Agung. Pertanyaan tentang boleh tidaknya MA menguji SE terjawab lewat putusan MA No. 23P/HUM/2009. Dalam putusan ini MA membatalkan SE Dirjen Minerba dan Panas Bumi No. 03.E/31/DJB/2009 tentang Perizinan Pertambangan Mineral dan Batubara Sebelum Terbitnya Perppu No. 4 Tahun 2009.
