Kedua, pemerintah menetapkan penjabat kepala daerah/wakil kepala daerah, dengan syarat apabila pemilihan kepala daerah dalam tenggang waktu tertentu belum mendapatkan Pasangan calon terpilih. Kebijakan ini perlu diambil agar tidak terjadi kekosongan kepemimpinan. Dengan kebijakan ini, pejabat kepala daerah dapat menjalankan roda pemerintahan selama belum ada kepala daerah dan definitif terpilih dari Pilkada.
Selanjutnya, penunjukan kepala daerah oleh Presiden masih dilakukan karema alasan kebijakan pemilihan umum serentak. Seiring dengan keseretakan agenda Pemilu dan Pilkada, Pasal 201 UU No. 10 tahun 2016 mengatur timeline penyelenggaraan Pilkada serentak hingga 2024. Karenanya, diatur prosedur pengisian penjabat kepala daerah pada beberapa daerah yang pelaksanaan Pilkadanya harus disesuaikan dengan agenda tersebut.
Apabila ditinjau melalui teori hubungan antara pemerintah pusat dan daerah, terdapat tiga klasifikasi menurut Clarke (Wardhana dkk. 2022, hlm. 86-88), yang menggambarkan hubungan pemerintah pusat dan daerah.
- The relative authonomy model, yaitu kekuasaan yang relatif besar kepada pemerintah daerah dalam bertindak menjalankan tugas dan wewenangnya berdasarkan undang-undang dengan tetap menghormati eksistensi pemerintah pusat.
- The Agency Model, dalam konsep ini Pemerintah Daerah dianggap hanya sebagai agen dari Pemerintah Pusat, sehingga pemerintah daerah merupakan aktor yang menjalankan kebijakan dari pemerintah pusat. Pemerintah pusat memiliki kontrol yang sangat besar terhadap pemerintahan daerah untuk menjalankan tugas dan fungsinya, sehingga dapat dikatakan bahwa hubungan ini sangat didominasi oleh Pusat.
- The Interaction model yaitu hubungan pemerintahan pusat-daerah didasarkan pada pola dan bentuk interaksi antara pemerintah pusat dan daerah.
Dari ketiga klasifikasi hubungan pusat-daerah, hubungan pemerintah pusat dan daerah di Indonesia termasuk kategori the relative authonomy model. Karena, dalam pemerintahan, daerah diberikan kewenangan yang luas sesuai dengan tugas dan wewenangnya dalam undang-undang. Begitupun apabila melihat konstruksi pasal pasal 18 UUD NRI 1945 yang pada intinya memberikan otonomi seluas-luasnya terhadap pemerintahan daerah atas urusan-urusan pemerintahan di daerahnya.
Apabila dikaitkan dengan pertanyaan yang disampaikan oleh penanya, pada prinsipnya, secara umum sesungguhnya pemerintah pusat tidak memiliki andil yang begitu besar untuk mencampuri urusan pemerintahan daerah. Apalagi berkaitan dengan penentuan penjabat kepala daerah, yang tentunya akan berefek sangat signifikan terhadap demokrasi lokal, serta derajat dari otonomi daerah berdasarkan konstitusi.
Mengenai teknis penunjukan dari pejabat kepala daerah tersebut sendiri, sudah tentu merupakan hak diskresi oleh Presiden yang telah ditentukan berdasarkan undang-undang. Namun, dalam aspek-aspek tertentu terdapat pembatasan oleh undang-undang dikaitkan dengan politik hukum yang menyertainya, dapat memungkinkan untuk presiden melakukan penunjukan secara langsung penjabat kepala daerah. Selama politik hukum tersebut tidak menyalahi kehendak konstitusi, khususnya berkenaan dengan otonomi daerah seluas-luasnya, maka aturan mengenai penunjukan kepala daerah tersebut dapat dikatakan sesuai dengan konstitusi.