Dengan adanya platform yang begitu banyak dan perangkat pendidikan online, pendidik maupun pelajar sering menghadapi cegukan saat menggunakannya ataupun hal lain yang mengacu pada alat tersebut. Beberapa tantangan yang teridentifikasi dan disoroti oleh banyak peneliti dirangkum sebagai berikut:
Tantangan yang diidentifikasi secara luas dengan adanya e-learning adalah aksesibilitas, keterjangkauan, fleksibilitas dan kebijakan pendidikan. Banyak negara memiliki masalah substansial tentang koneksi Internet yang baik dan akses ke perangkat digital. Sementara, di banyak negara berkembang, anak-anak yang terbelakang secara ekonomi tidak mampu membeli perangkat belajar online, pendidikan online menimbulkan risiko paparan peningkatan waktu layar bagi pelajar. Oleh karena itu, penting bagi siswa untuk terlibat dalam aktivitas offline dan eksplorasi mandiri. Kurangnya bimbingan orang tua, terutama untuk pelajar muda, merupakan tantangan tersendiri, karena kedua orang tua bekerja. Ada masalah praktis seputar ruang kerja fisik yang kondusif untuk berbagai cara belajar.
Peserta didik yang memiliki motivasi bawaan, relatif tidak terpengaruh dalam pembelajaran karena minimnya supervisi dan bimbingan, sedangkan kelompok rentan yang terdiri dari siswa yang lemah dalam belajar sering menghadapi kesulitan. Beberapa pelajar yang kompeten secara akademis dari latar belakang yang kurang beruntung secara ekonomi tidak mampu mengakses dan membeli perangkat pembelajaran online. Tingkat kinerja akademik siswa cenderung turun untuk kelas yang diadakan untuk ujian akhir tahun dan ujian internal karena berkurangnya jam kontak terhadap peserta didik dan kurangnya konsultasi dengan guru ketika menghadapi kesulitan dalam pembelajaran dan pemahaman.
