Terdapat perubahan dan peynambahan materi muatan UU IKN. Ada 11 pasal yang diubah serta ada 6 pasal baru dalam revisi UU ini. Materi muatan yang disorot adalah Pasal 12 UU IKN, yang sama seperti Pasal 4 dan 18, yang berbunyi, “Otorita Ibu Kota Nusantara sebagai penyelenggara Pemerintahan Daerah Khusus Ibu Kota Nusantara diberi kewenangan khusus berdasarkan Undang-Undang ini.” Ketentuan ini berarti bahwa Otorita IKN lagi-lagi diberi kewenangan khusus atas urusan pemerintah pusat hingga pemerintah daerah dalam rangka pembangunan IKN. Bahkan, otorita ini juga memiliki kewenangan untuk memberikan izin investasi, kemudahan berusaha, pemberian fasilitas khusus ke pihak pendukung pembiayaan IKN. Sebelum revisi UU IKN, Otorita IKN bukan bagian dari pemerintah pusat maupun pemerintah daerah.
Pasal 42 ayat (1) huruf a dan b UU IKN adalah tameng sejumlah ketentuan di UU IKN yang bertentangan dengan undang-undang lainnya. Pasal ini menentukan bahwa pada saat UU IKN berlaku, terdapat beberapa konsekuensi. Pertama, seluruh ketentuan peraturan perundang-undangan yang bertentangan dengan ketentuan yang diatur khusus dalam UU IKN. Kedua, peraturan perundang-undangan yang mengatur tentang pemerintahan daerah dinyatatan tidak berlaku dalam hal kegiatan persiapan, pembangunan, dan pemindahan IKN, serta penyelenggaraan Pemerintahan Daerah Khusus IKN. Artinya, seluruh peraturan yang bertentangan dengan pembangunan IKN dinyatakan tidak berlaku, yang termasuk undang-undang yang mengatur tentang pemerintah daerah.
