Dengan adanya platform yang begitu banyak dan perangkat pendidikan online, pendidik maupun pelajar sering menghadapi cegukan saat menggunakannya ataupun hal lain yang mengacu pada alat tersebut. Beberapa tantangan yang teridentifikasi dan disoroti oleh banyak peneliti dirangkum sebagai berikut:
Tantangan yang diidentifikasi secara luas dengan adanya e-learning adalah aksesibilitas, keterjangkauan, fleksibilitas dan kebijakan pendidikan. Banyak negara memiliki masalah substansial tentang koneksi Internet yang baik dan akses ke perangkat digital. Sementara, di banyak negara berkembang, anak-anak yang terbelakang secara ekonomi tidak mampu membeli perangkat belajar online, pendidikan online menimbulkan risiko paparan peningkatan waktu layar bagi pelajar. Oleh karena itu, penting bagi siswa untuk terlibat dalam aktivitas offline dan eksplorasi mandiri. Kurangnya bimbingan orang tua, terutama untuk pelajar muda, merupakan tantangan tersendiri, karena kedua orang tua bekerja. Ada masalah praktis seputar ruang kerja fisik yang kondusif untuk berbagai cara belajar.
Peserta didik yang memiliki motivasi bawaan, relatif tidak terpengaruh dalam pembelajaran karena minimnya supervisi dan bimbingan, sedangkan kelompok rentan yang terdiri dari siswa yang lemah dalam belajar sering menghadapi kesulitan. Beberapa pelajar yang kompeten secara akademis dari latar belakang yang kurang beruntung secara ekonomi tidak mampu mengakses dan membeli perangkat pembelajaran online. Tingkat kinerja akademik siswa cenderung turun untuk kelas yang diadakan untuk ujian akhir tahun dan ujian internal karena berkurangnya jam kontak terhadap peserta didik dan kurangnya konsultasi dengan guru ketika menghadapi kesulitan dalam pembelajaran dan pemahaman.
Penilaian siswa dilakukan secara online, dengan banyak “trial” (percobaan) dan sistem yang error, ketidakpastian dan kebingungan di antara guru, siswa serta orang tua. Pendekatan yang digunakan untuk melakukan ujian online beragam sesuai dengan kenyamanan dan keahlian pendidik dan kompatibilitas pelajar. Tindakan yang tepat untuk memeriksa plagiarisme belum dilakukan di banyak sekolah dan institusi karena jumlah siswa yang besar. Bergantung pada durasi penundaan atau pembatalan seluruh penilaian ujian mungkin merupakan kemungkinan yang suram. Berbagai ujian misalnya seperti ujian tingkat universitas, ujian perekrutan pekerjaan dan ujian masuk telah ditunda di beberapa negara karena wabah COVID-19 dan penutupan sekolah dan perguruan tinggi nasional. Berbagai ujian masuk universitas juga telah ditunda dan dijadwalkan ulang. Sistem pendidikan di sekolah, perguruan tinggi dan universitas di seluruh dunia telah terkena dampak parah karena situasi yang sedang terjadi.
Beberapa siswa mungkin mendapat manfaat dari gangguan tersebut. Misalnya di salah satu negara besar yaitu Norwegia, telah diputuskan bahwa semua siswa kelas 10 akan diberikan gelar sekolah menengah. Adapun sebuah studi yang dilakukan di Prancis menunjukkan bahwa tahun 1968 sudah mengabaikan prosedur ujian normal di Prancis, setelah kerusuhan pelajar, menyebabkan konsekuensi positif pasar tenaga kerja jangka panjang untuk kelompok yang terkena dampak.
Waktu sekolah juga meningkatkan keterampilan dan kesadaran sosial selain menyenangkan bagi anak-anak. Ada dampak ekonomi, sosial dan psikologis pada kehidupan siswa ketika mereka jauh dari jadwal sekolah yang normal. Banyak dari siswa ini sekarang telah mengambil kelas online, menghabiskan waktu tambahan di platform virtual, yang membuat anak-anak rentan terhadap eksploitasi online. Waktu yang dihabiskan untuk pembelajaran online yang meningkat dan tidak terstruktur telah membuat anak-anak terpapar konten yang berpotensi berbahaya dan berisi kekerasan serta resiko yang lebih besar dari penindasan maya. Penutupan sekolah dan tindakan penahanan yang ketat mengartikan bahwa banyak keluarga telah mengandalkan teknologi dan solusi digital untuk membuat anak-anak tetap terlibat dalam pembelajaran, terhibur, dan terhubung dengan dunia luar, namun tidak semua anak memiliki pengetahuan, keterampilan dan sumber daya yang cukup untuk menjaga diri mereka tetap aman.
Dalam kasus pembelajaran online di neagra kecil di Asaia Selatan misalnya seperti Bhutan, sebagian besar pelajar berasal dari pedesaan di mana orang tua sebagian besar adalah petani yang buta huruf. Siswa terlibat dalam membantu orang tua dalam kegiatan pertanian seperti berkebun, merawat ternak dan pekerjaan rumah tangga. Beberapa siswa bahkan meminta untuk menunda waktu ujian menjelang sore hari karena harus bekerja di lapangan bersama orang tua pada pagi hari.
Beberapa siswa menyatakan bahwa mereka harus merawat orang tua, kakek nenek maupun anggota keluarga mereka yang sakit dan membawanya ke rumah sakit. Menjelang malam, ketika mereka kembali ke rumah, menjadi sulit bagi mereka untuk mengikuti pelajaran. Para orang tua yang anaknya di kelas yang lebih rendah merasa lebih baik membiarkan anak mengulang tahun ajaran berikutnya. Mayoritas siswa tidak memiliki akses ke smartphone atau TV di rumah selain tidak memiliki konektivitas internet. Tidak ada atau kurangnya pendapatan untuk populasi besar karena penutupan kantor serta bisnis. Paket data dengan biaya yang relatif tinggi dibandingkan pendapatan rata-rata yang diperoleh, dan akses berkelanjutan ke Internet adalah sesuatu yang mahal bagi para petani. Kelas tatap muka online didorong oleh sebagian besar, namun beberapa siswa yang kurang beruntung secara ekonomi telah menyatakan bahwa kelas online tatap muka lebih banyak menghabiskan paket data. Para guru berada dalam dilema tentang siapa yang harus didengarkan dan alat mana yang harus digunakan. Beberapa orang berpikir video yang direkam sebelumnya dapat membantu, namun ini akan membatasi interaksi. Sulit untuk merancang sistem yang tepat agar sesuai dengan kebutuhan belajar dan kenyamanan semua siswa.